Uno de los máximos responsables de la Iglesia vasca en los años 60, sus simpatías nacionalistas y antifranquistas y su apoyo a la ETA de los primeros tiempos le enfrentan a Melitón Manzanas y a la policía franquista de la época.
Cede la casa de ejercicios espirituales de la Compañía de Jesús de Guetaria (Guipúzcoa) para que ETA celebre su V Asamblea donde decide dar el paso a la lucha armada y se elige a Txabi Etxebarrieta como líder de la organización.